肺微血管内皮细胞构成半选择性屏障，该屏障对于肺气体交换，调节液体和可溶物在血液与肺间质之间的流动具有重要意义。它还具有代谢功能，可以执行一定的非呼吸功能。在肺损伤中，肺微血管内皮细胞是活性氧类的重要靶细胞之一。在肺炎的发生过程中，神经体液介质和氧化剂作用于内皮细胞，使得细胞间隙渗透性增加，蛋白质由血液进入间质。细胞间隙渗透性的增加导致低氧血症，出现成人呼吸窘迫综合征和非心源性肺水肿。