2019/8/23
在细胞划痕实验结束后,我们需要对细胞划痕实验数据统计分析处理。然而,面对细胞划痕形态多样的“愈合伤口”,你知道怎样进行数据统计吗?很显然成片的细胞迁移和细胞计数方法,在这里不再适用。这时候我们需要借助神器imageJ软件,实现的简单高效的数据分析统计!(文末附imageJ软件包)
在细胞划痕后,细胞迁移的过程是这样子的,如下图:
当我们人为的划开一个“伤口”后,划痕边缘的细胞便努力迁移覆盖中间的空白区域,使伤口愈合。然而迁移的形状并不是规律的,通过细胞迁移会形成各异的形状。因此,在统计划痕实验数据时,统计二维的面积是目前最常用最适合的方法。而imageJ软件,在面积统计方面非常适合,对于划痕实验数据的统计利用imageJ即可轻松实现。
ImageJ的简介
ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件,它是由National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的免费软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用,除了进行细胞划痕实验分析,还可进行细胞计数,DNA电泳条带和Western blot条带灰度值分析,荧光图片共定位分析等,受到高大上的期刊杂志普遍承认。
如何利用imageJ来进行细胞划痕数据统计?
1.导入图片
File→open:打开要测量的细胞划痕图
2.转换图片格式Image→Type→8-bit(调成灰度图片,此步骤非常重要,必须转换)
Tips:ImageJ软件的数据类型有:8位灰度或索引色,16位无符号整数,32位浮点和RGB色彩。由于许多操作是在灰色图像上完成的,因此将图片进行转换是十分必要的,此处将图片转换成8-bit的目的是:将图片调成灰色,加强图像的对比度。
3.增强对比Process→Enhance Contrast
出现以下界面:
在Saturated pixels中输入0.3%,勾选Normalize,点击OK,效果如下图:
4.加强平滑效果Process→Smooth
5.找到划痕边缘Process→FindEdges
6.调整阈值Image→Adjust→Threshold
然后在以下界面调整相关参数
4. 随后点击Apply,效果如下:
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7. 选择目的区域
选择魔棒工具,点击黑色的划痕部分(即细胞划痕区域)得到黄色包围的划痕区,如下图:
8.最终得到划痕实验结果Analyze→Measure
Tips: 红色框内的数值即为测得的划痕区面积值(面积值的单位是平方像素pixel2)
为了计算细胞迁移率,可选择适当的时间点如6,12,24h后细胞图片,再进行上述操作。如计算某细胞在0h和24h的迁移图片,迁移率(或伤口愈合的百分比)即:24h迁移面积(0h的划痕面积-24h的划痕面积)与0h面积的比值。
简单高效的细胞划痕数据统计神器:imageJ下载(windows版)
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