qPCR结果分析（附实例）
2020/8/18
通常得到qPCR结果我们要怎样进行统计分析呢？本文通过实例，针对不同的实验目的从如何进行实验设计到结果分析都将一步步为大家解答。
实例：
现需要检测某一药物对细胞培养液中p53 mRNA水平的影响。那么，从实验设计到结果分析我们该如何做呢？
实验设计：
种两小皿细胞（3.5cm），其中一皿加药，另一皿加对照。处理一段时间后，就可以收细胞提RNA,再进行反转录，接下来就可以做qPCR了（内参为GAPDH），需要做的qPCR孔如下：
上面的p53和GAPDH都有三个PCR孔，这叫做PCR重复，其作用是为了消除本次实验的操作误差。同样的，我们再重新种细胞，做qPCR实验，如此重复三次，则称为独立重复实验。而我们统计结果的时候需要统计的则是独立重复实验。
实验后，我们得到Ct值结果如下：
Test1：
加药
对照
p53
22.89
22.82
23
25.32
25.4
25.3
GAPDH
15.29
15.91
15.69
14.98
15.33
15.22
Test2：
加药
对照
p53
22.6
22.46
22.85
25.7
25.5
25.61
GAPDH
15.83
15.71
15.27
15.46
15.45
15.22
Test3：
加药
对照
p53
22.49
22.49
22.6
25.68
25.64
25.61
GAPDH
14.81
14.79
15.34
15.25
14.6
15.29
结果分析：
加药（Ct平均值）
对照（Ct平均值）
Test1
Test2
Test3
Test1
Test2
Test3
p53
22.9
22.64
22.53
25.31
25.6
25.6
GAPDH
15.63
15.6
14.98
15.18
15.28
15.05
△Ct
7.27
7.04
7.55
10.13
10.32
10.55
2^-△Ct
0.006479
0.0076
0.00534
0.00089
0.00078
0.00067
0.000780573
2^-△△Ct
8.300388
9.73499
6.83613
1.14328
1.00221
0.85452
注意，如何计算2^-△△Ct？首先我们把对照里面的2^-△Ct求平均（上表中为0.000780573），然后用2^-△Ct 中的每一个数据除以这个数据，对照组也同样除。
整理数据得：
| Test1 | Test2 | Test3 | 平均值 | 标准差 | |
| 加药组p53相对值 | 8.3 | 9.73 | 6.83 | 8.286667 | 1.450046 |
| 对照组p53相对值 | 1.14 | 1 | 0.85 | 0.996667 | 0.145029 |
柱形图如下：
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